学院自觉肩负起建构中国自主的应用经济学知识体系的使命，以中国重大现实问题为主攻方向，构建“中国重大、现代方法和数据驱动”的科研体系，推动有组织科研，以社会主义市场经济体制和运行规律为主线，聚焦宏观经济管理、能源发展与安全、减贫与可持续发展、城市与产业数字化等领域，打造“中国家庭能源消费调查”“中国家庭数字经济调查”“中国失业率调查”“中国贫困人口长期追踪数据库”“中国时间序列投入产出数据库”“减贫与可持续发展实验室”“碳中和背景下的绿色经济与可持续发展实验室”等一批示范工程，搭建“扶贫数据可视化平台”，致力于推出原创性“重大事实、重要关系、核心参数、关键假说”，为服务全面建设社会主义现代化国家贡献智慧和力量。

在国务院学位委员会应用经济学学科评议组的直接指导下，学院创立“中国应用经济学年会”“应用经济学大讲堂”系列讲座、《应用经济学评论》等科研平台，持续推动我国应用经济学科建设，引领前沿应用经济学研究。

近年来，学院科研团队承担了国家社会科学基金项目29项（其中：重大项目8项、重点项目3项）；国家自然科学基金项目45项（其中：重点项目1项），2022年全院获批国家自然科学基金9项；教育部人文社科项目22项（其中：重大课题攻关项目1项）；省部级以上项目21项。

学院成立以来，聚焦中国式现代化和高质量发展的重大理论问题，在《中国社会科学》、《经济研究》、PNAS、Nature（子 刊）、Journal of Development Economics、Management Science等国内外顶尖期刊发表论文527篇。我院学者发挥研究优势，围绕重大现实问题精准建言献策，多项对策研究成果获得党和国家领导人肯定性批示或采用，持续提升政策服务水平。